国の難病対策として、１３０疾患が難病として認定されております。そのうち、５６疾患が特定疾患治療研究事業対象疾患とされ、医療費が公費対象となっております。 　５６疾患のうち、約三分の一である１８疾患を脳神経内科では診療しております。疾患名をあげると、パーキンソン病関連疾患（パーキンソン病、進行性核上性麻痺、大脳皮質基底核変性症）、サルコイドーシス、多発性筋炎、脊髄小脳変性症、重症筋無力症、多発性硬化症、ベーチェット病、筋萎縮性側索硬化症、多系統萎縮症（オリーブ橋小脳萎縮症、線条体黒質変性症、シャイ・ドレーガー症候群）、慢性炎症性脱髄性多発神経炎、アミロイドーシス、ハンチントン病、ミトコンドリア病、プリオン病（クロイツフェルト・ヤコブ病、ゲルストマン・ストロイラー・シャインカー病、致死性家族性不眠症）、ライソゾーム病、副腎白質ジストロフィー、球脊髄性筋萎縮症、脊髄性筋萎縮症です。 　公費対象とならないが難病になる疾患では、正常圧水頭症、ペルオキシソーム病、原発性側索硬化症、多巣性運動ニューロパチー、ＨＴＬＶ－１関連脊髄症、ギラン・バレー症候群、フィッシャー症候群、クロウ・フカセ症候群、有棘赤血球を伴う舞踏病、進行性多巣性白質脳症を脳神経内科で診ております。